消毒和灭菌是两个概念。灭菌(Sterilization)、除菌(Disinfection)和消毒(Sanitization)这三个经常被误用的词必须加以区别。灭菌和除菌是绝对化的术语。灭菌是指杀灭或不活化所有生命形式；除菌则是破坏或不活化致病微生物的传染，但在应用于细菌孢子时{往无效。灭菌法是对无菌制剂等的生产过程中的灭菌，常用的方法有：湿热灭菌法，可用无菌保证值SAL(Sterility Assurance Level)采表示效果；干热灭菌法；除菌滤过法；辐射灭菌法；环氧乙烷灭菌法。监测灭菌效果往往使用生物指示剂——一种标准的对灭菌条件稳定的微生物。而消毒可以说是减少微生物数量，使之达到安全或相对安全的水平，而与使用规定和使用目的相符合。

抗微生物剂是一种用来抑制微生物繁殖或消灭微生物的试剂的总称，它包括：

(1)消毒剂 能消除以细胞繁殖形态出现的微生物污染的化学试剂；

(2)灭菌剂 杀灭在无生命环境内的所有微生物生命形态的化学试剂；

(3)除菌剂 用来消灭在无生命物体上的病原体的抗菌剂；

(4)杀菌剂 可按具体作用分类：杀细菌的称为杀细菌剂；杀霉菌的则称之为杀霉菌剂；杀病毒的则称为杀病毒剂；杀孢子的则称之为杀孢子剂；

(5)抑菌剂 仅是抑制微生物生长的化学试剂。

因此灭菌和消毒是不可互换的术语，消毒剂在定义上也并不意味着是灭菌剂。消毒是消灭采自繁殖形态的细胞的活微生物的污染，但它不保证灭菌。